函館別院は、古くは浄(じょう)玄(げん)寺(じ)と称し、1668（寛文8）年、北海道上磯郡(かみいそぐん)木古(きこ)内(ない)町(ちょう)に専念(せんねん)寺(じ)（松前郡(まつまえぐん)）の支坊として建立したことに始まります。江戸期において大火に遭いながらも再建し、本堂をはじめとする諸殿は、北海道随一と称され、ペリーの遠征記（『ペリー提督日本遠征記』）にも紹介されています。また、戊(ぼ)辰(しん)戦争（五(ご)稜(りょう)郭(かく)の戦い）では、仙台藩及び徳川脱藩家臣団の本陣ともなりました。

別院の本堂には、ご本尊と並置する形で、厳如(ごんにょ)上(しょう)人(にん)御(ご)直刻(じきこく)の宗祖親鸞聖人御木像が安置されています。明治期には2度の火災に遭い、1915（大正4）年に再建された現本堂（国指定重要文化財）は、度重なる類焼の経験から、当時最新技術であった鉄筋コンクリートが用いられました。使用する鉄、石、砂の水洗いは門徒総出で加勢し、鉄鋼建築資材はアメリカやドイツから輸入したものが使われています。