鹿児島別院は、南九州最大の繁華街である天文館(てんもんかん)にもほど近い鹿児島市の中央、大門口(だいもんぐち)通(どおり)にあります。過去には薩摩藩・島津氏の民衆支配の一環として宗教統制（念仏禁制(きんぜい)）がなされ、一向(いっこう)宗（浄土真宗）禁制の時代が続いた歴史があります。

当時、浄土宗や時宗は、むしろ保護の対象とされました。ことさらに浄土真宗を禁じたのは、やはり親鸞聖人や蓮如(れんにょ)上(しょう)人(にん)の教えそのものが、島津氏の理念と相容れず、また、信長や秀吉、家康が手を焼いた一向一(いっ)揆(き)に代表される、真宗門徒の何ものをも恐れぬ団結力に対する危機感や嫌悪感が、念仏禁制へと踏み切らせたのだと考えられます。しかしながら、これらの弾圧の中でも念仏相続の灯(ともしび)が消えることはなく「かくれ念仏」といわれる講(こう)が組織されました。薩摩藩においては、1865年に、全国に先駆けて廃仏(はいぶつ)毀(き)釈(しゃく)が徹底して行われ、人びとは神道以外の宗教を禁じられましたが、真宗門徒はそれを拒否し、弾圧を受けながらも「かくれ念仏」講を続けてきました。信教自由の布達により、ようやくこの地に信教の自由が訪れたのは、1876年のことでした。1878年の仮別院完成から1945年の空襲による焼失などを経て、現本堂は1962年に完成しました。2026年3月には、薩摩真宗禁制解禁150年法要（第1期 九州教区慶(きょう)讃(さん)法要）が厳(ごん)修(しゅう)されました。鹿児島別院の会館内には「かくれ念仏」資料展示場が常設され、いつでも見学することができます。